Фамилия Естишин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается имя с богатой историей. Основа здесь — производная форма канонического имени Евстафий, а именно Естиша. В древнерусской традиции полные имена часто сокращали в быту, и от таких обиходных вариантов (Естиша, Естя, Стах) и пошли многие фамилии. Имя Евстафий пришло из греческого и означает «твердый, стойкий, неизменный» — качество, которое ценили и в воинах, и в крестьянах.

Покровитель имени — святой Евстафий Плакида, фигура для христианской истории знаковая. До крещения он был римским военачальником при императорах Тите и Траяне. Согласно преданию, на охоте он увидел оленя, между рогов которого сиял образ распятого Спасителя. Голос сказал ему: «Плацид, зачем преследуешь ты меня, желающего твоего спасения?». После этого Евстафий крестился вместе с женой Феопистией и двумя сыновьями — Агапием и Феопистом (все они также почитаются в лике святых). В православной традиции память святого приходится на 20 сентября (по юлианскому календарю), в католической — на 8 августа и 20 сентября. В Западной Европе Евстафий входит в число Четырнадцати святых помощников и считается покровителем охотников.

Фамилия Естишин образовалась по стандартной модели: к основе Естиша добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть сын или потомок Естиши. Такая словообразовательная схема типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин распространены особенно широко.

Существует и другая, менее правдоподобная версия: будто фамилия восходит к этнониму «эсты» — древнему названию населения современной Эстонии. Этноним действительно древний, он фиксируется в ливонских хрониках, например у Генриха Латвийского в XIII веке, и, по мнению исследователей, восходит к термину «восток» (Эстланд — «Восточная земля»). Однако гипотеза об этническом происхождении фамилии Естишин слаба: во-первых, суффикс -ин в таком случае был бы нетипичен для прозвища по национальности (обычнее — Естов или Естинский), во-вторых, антропонимическая модель от имени Евстафий гораздо естественнее и подтверждается множеством аналогичных фамилий (Естифеев, Естафьев, Стахеев). Так что потомок человека по имени Естиша — объяснение и простое, и исторически обоснованное.