Фамилия Есюнина — женская форма, в основе которой лежит мужское прозвище Есюня. А оно, скорее всего, связано с древним словом «есень» (осень). В церковнославянском языке и в рязанских говорах это слово бытовало именно в такой форме — «есень». В прошлом ареал её распространения был шире: в исторических документах встречается, например, Есеня Иван Петрович, 1590 год, Орел.

Вероятнее всего, прозвище Есюня давали ребёнку, родившемуся осенью. В славянской традиции осень — время завершения сельскохозяйственных работ, уборки урожая и перехода к зимним формам досуга, вроде посиделок. На осень приходились основные жатвенные обряды и праздники урожая, а также осенний мясоед — главный период заключения браков. Так что имя-прозвище было не просто календарным, а несло отпечаток целого уклада жизни.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Есюнин, то есть сын или потомок Есюни. Со временем потомок человека с прозвищем Есюня получил фамилию Есюнина.