Фамилия Еценкова — это русская по форме, но украинская по происхождению фамилия. Её основа — имя Еценя, которое представляет собой украинскую уменьшительную форму от имени Яценя. Яценя, в свою очередь, — это украинско-белорусский вариант имени Ян, а Ян — одна из народных форм имени Иван (Иоанн). Таким образом, цепочка проста: Иван → Ян → Яценя → Еценя. Древнееврейское имя Иоанн переводится как «милость Божья», и от него образовано множество уменьшительных форм — от привычных Вани и Ивася до таких, как Ванюта, Вантора, Янко, Яцек и, наконец, Яценя.

Менее вероятно, что в основе фамилии лежит имя Яков (Иаков). В таком случае Еценя могла бы быть его диалектной формой. Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению» или, по другой версии, «пята, след»: согласно библейскому преданию, Иаков родился, держась за пяту своего брата-близнеца Исава. Однако более правдоподобной выглядит версия с именем Иван — она проще и лучше объясняется через цепочку украинских уменьшительных форм.

Фамилия Еценкова — это не украинская фамилия с суффиксом -енко, а её русское переоформление. Украинская фамилия звучала бы как Еценко (сын Ецени). В русской среде, при попадании в реестры и документы, к ней добавили типичный русский суффикс -ов, образовав отчество второго порядка: внук Ецени — сын Еценко — стал Еценковым. Такой переход — частая история для фамилий украинского происхождения на территории России.

В документах начала XX века носители фамилии встречаются в разных регионах. Известны записи о Василии Гавриловиче Еценкове (родился в 1924 году, Оренбургская область), его отце Гаврииле Васильевиче (1895 года рождения, там же) и Петре Федоровиче Еценкове (1903 года рождения, г. Баку; записан как белорус). География — от Оренбуржья до Баку — говорит о том, что фамилия не была привязана к одному региону, а её носители перемещались вместе с потоками переселенцев.