Фамилия Евилин — редкий случай, когда за основу взято не имя, а церковный чин. В её основе лежит слово «евангелие» — благая весть. Но не напрямую, а через прозвище или неканоническое имя Евангелий, Евангел. В народной речи это слово быстро сократилось до «Евил» или «Евгел», а уже от них образовалась фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «сын Евила» или «из рода Евила».

Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от слов с окончанием на -а/-я или мягкий согласный: Евил — Евилин, как Борис — Борисин, Гаврил — Гаврилин. Такая модель распространена в северных и центральных губерниях России. В южных регионах чаще встретился бы вариант Евилов.

Самая вероятная версия происхождения связывает фамилию с церковной средой. Прозвище Евил могли дать чтецу, который громко и часто читал Евангелие, или пономарю, помогавшему на службе. Менее правдоподобна, но возможна связь с греческим именем Евангелос (благовестник) — в этом случае фамилия отражает не профессию, а личное имя предка, данное при крещении.

Встречается фамилия редко, в основном в Поволжье и центральных областях. В дореволюционных метрических книгах попадаются записи о крестьянах и мещанах с фамилией Евилин — то есть к духовенству носители не обязательно принадлежали, прозвище могло закрепиться за любым человеком, связанным с церковной службой.

Двойник фамилии — Евелин (с «е» после «в») — встречается ещё реже и может быть как вариантом того же корня, так и заимствованием из польского или немецкого языков, где есть женское имя Эвелина. Но русская фамилия Евилин к этому имени отношения не имеет.