Фамилия Фафонова — женская форма фамилии Фафонов. Это редкая фамилия, и её происхождение неочевидно. Чтобы разобраться, нужно отбросить суффикс -ов- и посмотреть на корень «Фафон». Скорее всего, это не славянское имя, а народная форма греческого имени Феофан (Theophanes), что означает «Богоявление» или «явленный Богом». В русской традиции это имя давалось при крещении, но в быту его нередко переделывали: Феофан превращался в Фофан, Фафан, Фафон. Так что Фафон — это просторечный, «домашний» вариант церковного имени.

Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Фафонов — сын Фафона. Следовательно, предок носительницы фамилии был человеком, которого в документах или в обиходе записали как Фафон. Второй возможный, но менее вероятный путь — прозвище. В некоторых говорах «фафон» могло означать нечто вроде «простак» или «разиня», но это локальное значение, которое не вытесняет версию с именем.

Географически фамилия редкая, её можно встретить в центральных областях России, но она не привязана к какому-то одному региону. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков фамилии на -ов от имени Феофан встречаются, но именно форма «Фафонов» — большая редкость. Она могла возникнуть в среде крестьян или мещан, где имя упрощали до неузнаваемости.

Интересная деталь: в написании фамилии нередко путают с «Фофоновой» (от Фофан — тоже вариант Феофана). Но разница в корневая: Фафон — более архаичная или диалектная огласовка. Если ваша фамилия именно Фафонова, то вы носите след древнего именослова, где звуки менялись под влиянием местного говора.