Фамилия Фафонов — один из тех случаев, когда корень слова вызывает больше вопросов, чем ответов. Сразу скажем: ничего общего с привычными «фазанами» или «фаготами» здесь нет. Основа фамилии — древнерусское прозвище Фафон. В говорах это слово могло означать человека вялого, медлительного, «размазню», от диалектного глагола «фафонить» — делать что-то неспешно, лениво. Вторая, менее распространённая версия, связывает прозвище с искажённым крестильным именем Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший). В народном произношении имя Агафон нередко сокращалось до Гафон, а затем, под влиянием акающих говоров, переходило в Фафон.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность. Фафонов — буквально «сын Фафона» или «человек из рода Фафона». Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что прозвище оканчивалось на твёрдый согласный. Это типично для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ов преобладают.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она встречается преимущественно в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — в тех краях, где сохранялась архаичная лексика и где имя Агафон было в ходу у крестьян. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: Фафоновы — почти всегда крестьяне или мещане.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века фамилию записывали через «о» — Фофонов. Это вариант того же корня, но с другим ударением. В говорах «фофон» могло означать не только ленивого человека, но и простака, разиню. Таким образом, фамилия Фафонов — не просто указание на родство, а живое свидетельство народной наблюдательности: предок получил прозвище по характеру или поведению, и оно закрепилось в веках.