Основой фамилии Фофонов послужило церковное имя Феофан. Фамилия Фофонов восходит к каноническому мужскому имени Феофан, которое в переводе с древнегреческого означает «богоявленный». В основе фамилии лежит его просторечная форма —Фофон. Это имя носил Феофан Грек (1340-1405) – византийский (греческий) живописец, работавший в России во второй половине XIV - начале XV веков. Вместе с Андреем Рублевым расписал старый Благовещенский собор Московского Кремля. Согласно другой версии, фамилия Фофонов образована от прозвища Фофон, которое восходит к нарицательному «фофан» в значении «простоватый, нерасторопный человек». В этом случае прозвище указывало на черты характера основателя рода Фофоновых. О таких людях в народе говорили: «Ни от камня меду, ни от Фофана плоду».