Фамилия Фофанов в большинстве случаев — это просторечная форма от канонического имени Феофан. В переводе с древнегреческого оно означает «богоявленный». Такой переход не редкость: в повседневной речи начальное «фе» часто упрощалось до «фо», поэтому Феофан превращался в Фофана, а его дети записывались как Фофановы. Эту версию подтверждает и тот факт, что имя Феофан было хорошо известно на Руси благодаря Феофану Греку (1340–1405), византийскому живописцу, который вместе с Андреем Рублевым расписывал старый Благовещенский собор Московского Кремля.

Однако у этой фамилии есть и второе дно. В народной речи существовало нарицательное слово «фофан» — так называли простоватого, нерасторопного человека. Отсюда и поговорка: «Ни от камня меду, ни от Фофана плоду». Вряд ли такое прозвище было обидным в современном смысле — скорее, оно отражало характер или манеру поведения конкретного человека, и уже от этого прозвища тоже могла пойти фамилия. Различить эти два источника по написанию невозможно: и потомки Феофана, и те, кого дразнили фофаном, писались одинаково.

Интересно, что фамилия не осталась только в крестьянской или купеческой среде. Её носил Константин Михайлович Фофанов (1862–1911), русский поэт-декадент, автор «Весенней поэмы» и поэмы «Волки». Его творчество высоко ценили современники, хотя сейчас он известен меньше, чем заслуживает. Так что за фамилией стоит не один, а два разных пути: один — от церковного имени с византийским следом, другой — от меткого народного слова. Какой из них привёл к появлению конкретной ветви Фофановых, без генеалогических изысканий не скажешь, но оба объяснения имеют право на жизнь.