Основой фамилии Фофанова послужило церковное имя Феофан. Фамилия Фофанова восходит к каноническому мужскому имени Феофан, которое в переводе с древнегреческого означает «богоявленный». Это имя носил Феофан Грек (1340-1405) – византийский (греческий) живописец, работавший в России во второй половине XIV - начале XV веков. Вместе с Андреем Рублевым расписал старый Благовещенский собор Московского Кремля. Однако существовало и нарицательное «фофан» в значении «простоватый, нерасторопный человек». О таких людях в народе говорили: «Ни от камня меду, ни от Фофана плоду». Одним из самых известных обладателей фамилии является Константин Михайлович Фофанова (1862-1911), русский декадентский поэт, автор поэмы «Волки», «Весенней поэмы» и др. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Феофан, со временем получил фамилию Фофанова.