Фамилия Зуйков происходит от прозвища Зуй, а не от слова «зуб» или имени Зуй, как может показаться на первый взгляд. В русских говорах «зуй» — это не только птица из семейства ржанковых (маленький кулик, живущий у воды), но и прозвище для человека. Чаще всего так называли бойкого, вертлявого, суетливого или невысокого ростом человека — по повадкам птицы, которая быстро бегает по берегу и всё время кланяется, добывая корм.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Зуй + патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность («Зуйков» — сын Зуя). Суффикс -к- в основе (Зуй → Зуек → Зуйков) — уменьшительный, он мог появиться из ласкательной формы прозвища или как вариант фамилии, закрепившийся в документах. Встречаются и однокоренные фамилии: Зуев (от «зуй» без уменьшительного суффикса), Зуй, Зуйко (украинский вариант) — все они восходят к тому же корню.

Географически фамилия Зуйков распространена в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской, Костромской и Ярославской губерниях. Это не случайно: в северных говорах слово «зуй» было более употребительно, чем в южных. По переписям XVII–XVIII веков, крестьяне и посадские люди с таким прозвищем встречаются в писцовых книгах Белозерского уезда и Важской земли.

Есть и альтернативная, менее правдоподобная версия: связь с диалектным «зуй» в значении «плут, проныра». Но она не меняет сути — в любом случае фамилия отражает характер или внешность предка, а не его профессию. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, так что в большинстве случаев Зуйковы — потомки крестьян или ремесленников.