Фамилия Фанат — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не угасло, а перешло в фамилию почти без изменений. В современном русском языке слово «фанат» означает страстного поклонника, но это значение — заимствование второй половины XX века из английского fanatic. К фамилии оно прямого отношения не имеет. Корни фамилии уходят глубже, в народную речь XVI–XVII веков.

Тогда «фанатом» или «фанатиком» могли назвать человека с определённым складом характера: горячего, упрямого, исступлённого в вере или деле. Слово пришло в русский язык через церковнославянский из греческого φανατικός (phanatikos) — «одержимый, восторженный». Прозвище давали не в похвалу, а как меткую характеристику: «Фанат» — тот, кто не знает меры в споре, молитве или работе. В крестьянской среде такое прозвище могло закрепиться за человеком, который, например, слишком рьяно исполнял обряды или, наоборот, бунтовал против устоев.

Фамилия образована без суффикса — по так называемой «нулевой» модели, когда прозвище перешло в фамилию в чистом виде (ср. Сокол, Жук, Шестак). Это указывает на относительно позднее оформление, вероятно, в среде однодворцев или государственных крестьян, где фамилии нередко фиксировали прозвище без дополнительных патронимических суффиксов -ов/-ев или -ин. Географически фамилия Фанат встречается точечно, чаще всего на юге России и в Поволжье — регионах, где было сильно влияние старообрядчества. Не исключено, что прозвище могло прижиться именно в среде раскольников, где «фанатиками» называли особенно стойких приверженцев старой веры.

В отличие от фамилий Фанатов или Фанатьев, где суффикс указывает на отчество («сын Фаната»), форма Фанат — прямая, без посредников. Она как бы застыла в том виде, в каком её дали первому носителю.