Фамилия Фанышев — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, не даёт очевидной подсказки. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. В данном случае корень — Фаныш-, и именно он вызывает вопросы.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским именем Фанис (или Фаныс). В татарском и башкирском языках это имя имеет значение «учёный», «знающий», «сведущий». От него с помощью русского патронимического суффикса -ев и образовалась фамилия Фанышев: сын Фаныша, потомок Фаныша. Это объясняет и географию: фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, в зоне активных русско-тюркских контактов.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным русским словом «фаныш» — так в некоторых говорах называли фокусника, штукаря или обманщика. Однако это слово крайне редкое, и его фиксация в письменных источниках сомнительна. В этом случае фамилия могла бы быть прозвищем ловкого человека, но тюркская версия выглядит убедительнее и подкреплена типологией: множество русских фамилий на -ев (Алышев, Булашев, Канышев) имеют именно тюркские корни.

Интересно, что фамилия Фанышев не относится к старым дворянским родам. Она, скорее всего, сформировалась в среде крестьян или мещан в XVI–XVII веках, когда происходила массовая христианизация народов Поволжья. Крещёные татары и башкиры нередко получали фамилии по имени отца, которое записывали на русский лад. Таким образом, Фанышев — это не столько указание на занятие предка, сколько память о его личном имени, которое когда-то звучало как Фаныш.