Фамилия Фарафудинов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, образованное от звукоподражательного корня. В русском языке есть глагол «фарафудить» или «фарафуни́ть», который в разных говорах означает «говорить вздор», «пустословить», «балагурить». Человека, который любил поболтать, рассказать небылицу или просто говорил быстро и сбивчиво, могли прозвать Фарафудой. От этого прозвища и пошла фамилия.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин- указывает на принадлежность («чей?» — сын Фарафуды). Финальное -ов- здесь вторичное, возникшее под влиянием более массовой модели фамилий на -ов, что встречается в поздних вариантах оформления фамилий. То есть изначально форма могла быть Фарафудин, но со временем закрепился более привычный вариант Фарафудинов.

Версия о тюркском или арабском происхождении основы маловероятна. Хотя фамилия звучит необычно для славянского уха, ни в татарских, ни в кавказских именословах корня «фарафуд» нет. Скорее всего, это чисто русское прозвище, которое могло закрепиться в среде крестьян или посадских людей — в тех слоях, где ценили острый язык и меткое слово. Суффикс -ин характерен для северных и центральных областей России, что косвенно указывает на возможный ареал возникновения.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании. Носители фамилии Фарафудинов, скорее всего, происходят из одной небольшой местности, где прозвище дали одному человеку, а потомки разнесли фамилию по стране. В современной России она фиксируется эпизодически, преимущественно на Урале и в Западной Сибири — в регионах позднего заселения, куда переселенцы приносили свои семейные прозвания.