Фамилия Фарфудинов — редкий случай, когда основа вызывает больше вопросов, чем суффикс. Модель образования здесь стандартная и прозрачная: тюркская или арабо-персидская основа плюс русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Фарфудина). А вот с корнем всё сложнее.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к мужскому личному имени Фарфудин (варианты: Фарфуддин, Фарфуаддин). В арабо-персидской ономастике это составное имя, где первая часть «фар» может означать «слава, величие» (от персидского «фарр» — божественная благодать, величие), а вторая — «дин» (религия, вера). То есть имя могло толковаться как «величие веры» или «слава религии». Однако такая конструкция не самая распространённая в классических мусульманских именах, что делает её либо диалектной, либо искажённой формой более известного имени (например, Фахруддин — «гордость веры»).

Альтернативная, но менее убедительная гипотеза связывает основу с тюркским словом «фарфур» или «фарфура» — так в некоторых тюркских языках называли фарфор. В этом случае прозвище Фарфуда могли дать гончару, торговцу посудой или человеку с белой, как фарфор, кожей. Но против этой версии говорит то, что русские фамилии на -инов обычно образуются от имён на -я (Федя — Федин), а не от существительных среднего рода. Форма Фарфудинов жёстко привязана к основе, оканчивающейся на согласный (Фарфудин), что указывает на имя, а не на прозвище от предмета.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением, а также встречается у кавказских народов, что подтверждает её восточное происхождение. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не фиксируется — это говорит о том, что фамилия могла быть поздней, окончательно оформившейся уже в советское время, когда паспортизация закрепила за многими семьями «русифицированные» формы от отчеств. Так что Фарфудиновы — это, скорее всего, потомки человека, которого звали Фарфудин, а его имя, в свою очередь, — местный вариант сложного арабо-персидского теофорного имени.