Фамилия Фарфутдинова ведет свое начало от имени Фарфутдин, которое является просторечным вариантом мусульманского мужского имени Фархутдин. В переводе с арабского языка имя Фатхурдин означает «радость, отрада религии». К таким именам, очевидно, относится и имя Фатхурдин. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Фарфутдиновых можно лишь на основании генеалогических исследований.