Фамилия Фарутдинова — женская форма фамилии Фарутдинов. Её основа — арабское мужское имя Фарутдин, которое в исламской традиции означает «различающий веру» или «отличающий религию». Первая часть имени, «фарк» (или «фарук»), переводится как «различение», «отделение», а «дин» — «вера», «религия». В мусульманском мире имя Фарук известно в первую очередь по прозвищу халифа Умара ибн аль-Хаттаба, которого называли аль-Фарук — «тот, кто отличает истину от лжи». Фарутдин — более редкая, составная форма, где акцент смещён на религиозный аспект.

Фамилия Фарутдинов образована по стандартной для тюркских народов модели: к восточному имени добавили русский патронимический суффикс -ов. Это означает «сын Фарутдина». Такая модель закрепилась в XIX–XX веках, когда татары, башкиры и другие народы Поволжья и Урала массово получали фамилии на -ов и -ев, адаптируя их под общероссийские нормы. Фарутдинова — фамилия не старорусская, а поздняя, оформившаяся в среде мусульманских народов Российской империи.

Географически фамилия встречается преимущественно среди татар и башкир, особенно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Носители фамилии — потомки людей, которым при крещении или переписи дали фамилию по имени отца. Никакого отдельного прозвища или ремесла за основой не стоит: это чисто именная, патронимическая фамилия, каких сотни тысяч, но с яркой восточной окраской.

С точки зрения словообразования фамилия Фарутдинова стоит в ряду таких же исламских антропонимов, как Нуртдинов, Гайнутдинов, Валитдинов. Отличие — в редкости корня Фарут- по сравнению с более частым Нур- или Гайн-. Фамилия не имеет вариантов написания, кроме стандартной адаптации через «ф» (в арабском оригинале — буква «фа»). Встречаются единичные случаи с удвоенной «т» (Фаруттдинова), но это скорее ошибка в документах, чем историческая норма.