Фамилия Фахрутдинова ведет свое начало от мусульманского мужского имени Фахри, которое в переводе с арабского означает «достойный похвалы, превосходящий других, знаменитый, известный». Компонент «дин», характерных для большинства восточных имен и фамилий, имеет значение «вера, религия». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Фахрутдиновых можно лишь на основании генеалогических исследований.