Фамилия Фахрутдинов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Фахрутдинов уходит в XV-XVII вв. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Фахрутдинов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Фамилия Фахрутдинов ведет свое начало от мусульманского мужского имени Фахри, которое в переводе с арабского означает «достойный похвалы, превосходящий других, знаменитый, известный». Компонент «дин», характерных для большинства восточных имен и фамилий, имеет значение «вера, религия». Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Фахрутдинов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Тем не менее, фамилия Фахрутдинов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.