Фамилия Фахратдинова представляет собой вариант фамилии Фахретдинов, которая ведёт начало от мусульманского мужского имени Фахретдин. Это имя в переводе с арабского означает «слава, гордость религии». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Фахратдиновых можно лишь на основании генеалогических исследований.