Фамилия Фахратова — женская форма от Фахратов, и её происхождение напрямую связано с арабским и тюркским миром. В основе лежит имя Фахрат, которое представляет собой сложносоставное образование от арабского «фахр» — «гордость, слава, честь» и персидского компонента «-ат» — показатель множественного числа, который в именах часто переходит в значение «высшая степень». Таким образом, Фахрат можно перевести как «славнейший», «достойнейший», «гордость многих». Это имя было распространено среди татар, башкир и других народов, исповедующих ислам, особенно в Волго-Уральском регионе.

Модель образования фамилии типична для русской традиции оформления иноязычных основ: к имени Фахрат добавили русский патронимический суффикс -ов (Фахратов), который в женском роде закономерно дал окончание -а. Однако здесь есть одна особенность: суффикс -ов присоединился не напрямую к имени, а к его уже русифицированной форме — Фахрат, а не к исходному Фахр ад-Дин (полное арабское имя, означающее «гордость веры»). Это говорит о том, что фамилия закрепилась в бытовой, устной среде, где имя использовали в сокращённом варианте.

Географически фамилия Фахратова встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — то есть в зоне расселения казанских и сибирских татар. Социальный контекст: в XIX — начале XX века носители такой фамилии чаще всего были из крестьянского или мещанского сословия, реже — из духовенства (муллы), так как имя Фахрат нередко давали в семьях с религиозным уклоном.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Фахратова стоит в одном ряду с Фахрутдиновым, Фахриевым, Фахреевой — все они восходят к тому же корню «фахр», но различаются по словообразовательной модели. Фахратова — более «короткая» форма, без дополнительных суффиксов -ут- или -и-, что указывает на её более позднее и бытовое происхождение. Встречаются варианты написания с буквой «х» вместо «хр» (Фаратова) — это результат упрощения в разговорной речи, но исходная форма именно с «хр».