Фамилия Фахратов — одна из тех, что напрямую ведут к арабскому миру через тюркское посредничество. Её основа — мужское имя Фахрат, которое в свою очередь восходит к арабскому «Фахр ад-Дин» (араб. فخر الدين), что означает «гордость веры», «слава религии». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, это имя сократилось и адаптировалось в форму Фахрат, а затем, по русской словообразовательной модели, к нему добавили патронимический суффикс -ов. Так и получилась фамилия Фахратов: «сын (или потомок) Фахрата».

Интересна и другая, менее распространённая версия. У некоторых тюркских народов существовало личное имя Фахри (от того же корня «фахр» — гордость, честь). Форма Фахрат могла быть его местным диалектным вариантом или даже прозвищем. Но основная гипотеза, подкреплённая ономастическими данными, всё же указывает на полное имя Фахрат как на исходную точку.

Фамилия почти наверняка имеет тюркские корни. Среди носителей фамилии Фахратов преобладают татары и башкиры, также она встречается у казахов и других народов, исповедующих ислам и испытавших влияние арабской культуры. Географически фамилия распространена в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), на Урале и в Западной Сибири — в тех регионах, где исторически компактно проживают татары.

С точки зрения словообразования фамилия проста и прозрачна. Суффикс -ов указывает на принадлежность, а корень — на личное имя. Социальное происхождение носителей, скорее всего, было самым разным: от крестьян до духовенства, поскольку имя Фахрат (Фахреддин) было популярно и в среде мулл, и среди простых людей. Сословные границы здесь размыты, и точных данных о преобладании какого-то одного слоя нет.