Фамилия Фахретов — редкий случай, когда основа не славянская, а арабо-тюркская, а суффикс — чисто русский. Это типичная «фамилия-гибрид», каких много у народов Поволжья и Приуралья, принявших православие или долго живших в русскоязычной среде.

В основе лежит арабское имя Фахретдин (Фахр ад-Дин), что переводится как «гордость веры» или «слава религии». Имя популярно у татар, башкир, отчасти у народов Кавказа. В русской среде оно сократилось до формы Фахрет — так называли человека в быту, опуская второй компонент. Именно от этой усечённой формы и пошла фамилия: Фахрет + ов.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Фахретов, то есть сын или потомок человека по имени Фахрет. Такая модель образования фамилий — самая массовая в России, но в сочетании с нерусским корнем она даёт чёткий маркер: предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным татарином (кряшеном) или башкиром, либо происходил из среды, где арабские имена были нормой, а русская администрация фиксировала их на «-ов».

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области. Встречается и у татар-мусульман, но реже — у них фамилии чаще оформлялись без суффикса (просто Фахретдинов) или через тюркские форманты. Вариант Фахретов — признак долгого бытования в русском документообороте.

Споров по этимологии немного: корень ясен, морфология прозрачна. Единственное, что стоит оговорить: в редких случаях фамилия могла возникнуть от прозвища Фахрет, которое давали не по имени, а по характеру — «гордый», «важный». Но это вторичная версия, основная — патронимическая.