Фамилия Фарфудинова звучит необычно для русского уха, и её происхождение стоит искать не в славянских корнях, а в тюркском или арабо-персидском влиянии. Самая вероятная версия — основа фамилии восходит к мужскому имени Фарфудин. Это имя, в свою очередь, может быть сложено из двух частей: «фар» (от арабского «фарр» — радость, блеск, или от персидского «фар» — величие) и «фудин» (искажённое «ад-дин» — вера, религия). Таким образом, имя Фарфудин могло означать «блеск веры» или «величие религии», что характерно для многих мусульманских имён, образованных по модели с компонентом «дин».

Фамилия образована с помощью русского суффикса -ов, который был добавлен к основе Фарфудин, и окончания -а, указывающего на женский род. Фарфудинова — это женская форма; мужская, соответственно, Фарфудинов. Такая модель типична для русских фамилий, возникших в среде татар, башкир или других народов Поволжья и Урала, где исламские имена адаптировались к русской грамматике при переходе в фамилию. Суффикс -ов здесь работает как притяжательный: «чей?» — Фарфудинов, то есть потомок человека по имени Фарфудин.

С географической точки зрения, фамилия Фарфудинова редкая. Её можно встретить преимущественно в регионах с исторически смешанным русско-татарским населением: в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного конкретного рода, а не от массового прозвища.

Стоит отметить, что фамилия могла возникнуть и от прозвища, а не от канонического имени. В тюркских языках есть слово «фарфур» или «фарфура» — так называли фарфор, посуду. Не исключено, что предок Фарфудиновых мог быть гончаром или торговцем фарфором, и прозвище Фарфудин закрепилось за ним в искажённом виде. Однако эта версия менее правдоподобна, так как имя Фарфудин встречается в мусульманских именословах, а прозвищная основа с «фарфором» для XVI–XVII веков маловероятна.

Таким образом, Фарфудинова — фамилия с явным восточным корнем, адаптированная русским языком. Она указывает на предка, носившего имя с религиозным значением, и на его происхождение из среды татарского или башкирского дворянства или крестьянства, принявшего русскую фамильную модель.