Фамилия Фархудинова — женская форма мужской фамилии Фархудинов, и её происхождение напрямую связано с арабским миром и исламской культурой. Основа фамилии — личное имя Фархудин, которое состоит из двух корней: «фарх» (араб. فرح — радость, веселье) и «дин» (араб. دين — вера, религия). В буквальном переводе имя Фархудин означает «радость веры» или «веселье религии». Такие составные имена с компонентом «дин» (например, Нуруддин, Салахуддин) были широко распространены в мусульманском мире, особенно среди образованных слоёв и духовенства.

Фамилия Фархудинов образована по русской модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ов, который присоединился к восточному имени. Это типичный случай русификации тюркских и арабо-персидских имён: в XIX–XX веках, при переходе на русское делопроизводство и паспортную систему, многие мусульманские фамилии получили стандартный суффикс -ов/-ев или -ин. Таким образом, Фархудинов — буквально «сын Фархудина» или «потомок Фархудина».

Географически фамилия Фархудинова наиболее характерна для татар, башкир и других народов Поволжья и Урала, а также для кавказских мусульман (кумыки, азербайджанцы). Встречается она и у казахов, но реже, так как у них более распространена форма Фархат или Фархатулла. В русских дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия фиксируется в основном среди татарских крестьян и мещан Казанской, Уфимской и Оренбургской губерний.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий, восходящих к арабским именам, у Фархудинова редко встречается вариант с двойным «д» (Фархуддинов). Исходное имя Фархуддин (с удвоением «д») — тоже существует, но в русской передаче часто упрощается до Фархудин, что и дало более короткую фамилию. Если предки носителя фамилии были муллами или учителями при мечети, они могли носить имя Фархуддин как почётное религиозное звание, но в быту использовали сокращённый вариант.

Сословно фамилия не элитарна: её носители в основном сельские жители или горожане-ремесленники, хотя встречаются и среди купечества. В советское время фамилия не утратила религиозного подтекста, но воспринималась уже как этническая, а не религиозная.