Фамилия Фарахудинова — яркий пример того, как русская фамилия может хранить в себе восточные, а точнее, арабо-персидские корни. Её основа — мужское имя Фарахудин, которое в исламской традиции составное. Первая часть, «фарах», переводится с арабского как «радость», «веселье», «благоденствие». Вторая, «уд-дин» (или «ад-дин»), означает «вера», «религия». Таким образом, имя Фарахудин можно истолковать как «радость веры» или «счастье религии». Это теофорное имя, то есть содержащее указание на Бога, что типично для многих мусульманских имён.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Фарахудин добавился суффикс -ов, который затем трансформировался в женскую форму Фарахудинова. Такое приращение — признак того, что фамилия формировалась в среде, где русский язык был языком делопроизводства и общения, скорее всего, в мусульманских регионах Российской империи — в Поволжье, на Кавказе или в Средней Азии. Мужская форма — Фарахудинов.

По своему происхождению фамилия Фарахудинов (и, соответственно, Фарахудинова) — искусственная. Её не давали по прозвищу или профессии, а «сконструировали» от имени отца, подгоняя под русскую систему фамилий. Носитель имени Фарахудин, вероятно, был человеком уважаемым в своей общине — возможно, муллой, учителем или просто старшим в роду, чьё благочестивое имя перешло ко всем потомкам.

В отличие от многих русских фамилий на -ов, которые могут указывать на принадлежность к определённому сословию (крестьяне, дворяне), фамилии с корнем «уд-дин» чаще всего встречаются среди татар, башкир, народов Кавказа. Социальный статус первых носителей мог быть разным — от сельского муллы до купца или ремесленника. Сегодня фамилия Фарахудинова встречается нечасто, но её носительницы могут быть уверены: в их родовом имени зашифровано пожелание радости и духовного благополучия.