Фамилия Фарахутдинов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Фарахутдинов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Фарахутдинов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Фарахутдинов ведет свое начало от мусульманского мужского имени Фарахутдин. Первая его часть восходит к персидскому личному имени Фарах, которое в переводе на русский язык означает «широкий, свободный; обильный; радостный». Компонент «дин» имеет арабское происхождение и переводится как «вера, религия». Таким образом, имя Фарахутдин, как и фамилия Фарахутдинов, в буквальном смысле означает «радость религии». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Фарахутдинов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Фарахутдинов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.