Фамилия Фараретдинова — редкий пример, когда на стыке русского суффикса и мусульманского имени рождается необычная словообразовательная загадка. Первое, что бросается в глаза: фамилия не вписывается в привычную модель на -ов/-ев или -ин, где суффикс присоединяют к основе на согласный. Здесь мы видим суффикс -ин, который в русской ономастике обычно добавляют к основам на -а/-я (Пушкин, Ильин) или к словам женского рода. Но основа Фараретдин- заканчивается на твёрдый согласный, что для -ин нетипично. Это указывает либо на диалектное влияние, либо на то, что фамилия возникла не в центральной России, а в регионе с сильным тюркским субстратом, где правила присоединения суффиксов могли смещаться.

Сама основа восходит к арабскому имени Фараретдин (вариант Фаррухетдин, Фарахетдин), которое состоит из двух корней: «фарар» (радость, счастье) и «дин» (вера, религия). В переводе с арабского имя означает «радость веры» или «счастье религии». Такие имена-композиты с корнем «дин» (Нуретдин, Валитдин, Сафиуллин) широко распространены у татар, башкир и других народов, исповедующих ислам. Фамилия, скорее всего, образована от отчества: сына человека по имени Фараретдин называли Фараретдинович, а потом фамилия закрепилась за родом.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и соседним областям, где татарское и башкирское население исторически формировало фамилии по русским моделям, но с сохранением арабских основ. Встречается она редко, что объясняется нечастым исходным именем — Фараретдин не входил в число самых популярных имён, в отличие от, скажем, Габдуллы или Мингали.

По сословию предки Фараретдиновых могли быть крестьянами, ремесленниками или торговцами — фамилия не несёт следов дворянского происхождения. Судя по суффиксу, фамилия оформилась не раньше второй половины XIX века, когда у татар и башкир начался массовый переход от отчеств к наследственным фамилиям.