Фамилия Фарбота — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике она выделяется необычным финалом: суффикс -ота нехарактерен для типичных русских фамилий, которые чаще заканчиваются на -ов, -ин или -ский. Этот суффикс скорее свойственен украинским или белорусским фамилиям, образованным от прозвищ или отглагольных форм (сравните: Ломота, Зевота). Поэтому первая и самая вероятная гипотеза: Фарбота — это украинизированная или западнорусская фамилия, возникшая из прозвища.

Основа фамилии — «фарб» — указывает на связь с краской. В украинском и польском языках «фарба» означает «краска», а «фарбувати» — «красить». Прозвище Фарбота могли дать человеку, чья профессия или внешность были связаны с краской: маляру, красильщику тканей, иконописцу или просто человеку, который часто пачкался в краске. Суффикс -ота в таком случае придаёт прозвищу оттенок действия или свойства: Фарбота — «тот, кто красит» или «крашеный». В польском языке есть слово farbota, означающее «крашение» или «окраска», что также могло стать прямым источником фамилии.

Вторая, менее очевидная версия, отталкивается от возможного искажения при переписи. В южнорусских говорах слово «фарбота» могло быть вариантом «форбота» — диалектного названия суеты или хлопот (от глагола «форботить» — суетиться, беспокоиться). В этом случае фамилия описывала бы беспокойного, суетливого человека. Однако эта версия слабее, так как слово «форбота» не зафиксировано в авторитетных словарях как распространённое прозвище.

Географически фамилия Фарбота встречается крайне редко, преимущественно на Украине и в приграничных с ней областях России (Брянская, Курская). В дореволюционных метрических книгах она почти не попадается, что говорит о её позднем закреплении или малом числе носителей. Сословной привязки нет: Фарботы могли быть как крестьянами-малярами, так и мещанами, занимавшимися ремеслом. Сегодня фамилия остаётся штучной — её носителей можно пересчитать по пальцам, что делает её особенно ценной для семейной истории.