Фамилия Фарифонов — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидным корнем. Она образована по стандартной русской модели: к основе Фарифон- добавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Фарифона). Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Фарифо́нов.

Главная загадка — в личном имени Фарифон. В святцах его нет, в крестильных именах оно не встречается. Скорее всего, это народная, просторечная форма канонического имени. Наиболее вероятная версия: Фарифон — это переделка имени Трифон (др.-греч. Τρύφων — «живущий в роскоши», «неженка»). Такая трансформация характерна для русской диалектной фонетики: замена начального «Тр» на «Фар» (ср. диалектные «Фарфён» вместо «Трифон»). Подтверждение этой гипотезы — существование фамилий Фарифанов, Фарифоров, а также Фарифатьев, которые явно восходят к тому же корню и зафиксированы в старых писцовых книгах. Менее вероятна связь с греческим именем Фарид (арабского происхождения, «единственный») или с тюркскими корнями — суффикс -ов здесь однозначно славянский, что делает иноязычное происхождение основы маловероятным.

Таким образом, предок носителя фамилии Фарифонов, по всей видимости, был крещён именем Трифон, которое в быту превратилось в Фарифона. Фамилия эта — незнатная, крестьянская или мещанская; её редкость говорит о том, что родоначальник жил в относительно замкнутой местности, где диалектная форма закрепилась как фамильное прозвание. Географически фамилия может быть связана с северными или центральными губерниями России, где подобные фонетические сдвиги были особенно часты.