Фамилия Фарафонова образована от просторечной формы канонического имени Ферапонт. В основе лежит греческое слово «therapontos», которое переводят как «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». В русской традиции имя Ферапонт в крестьянской и посадской среде часто произносили как Фарафон, и именно эта народная форма и закрепилась в фамилии.

Словообразовательная модель проста: к основе Фарафон добавили типичный для русских фамилий суффикс принадлежности -ов, а затем родовое окончание -а. Такой способ указывает на то, что родоначальник фамилии был человеком из простого сословия — в дворянской среде чаще использовали книжную форму имени, а вот в деревнях и слободах приживался именно Фарафон.

Интересно, что в церковных святцах имя Ферапонт связано с несколькими раннехристианскими мучениками, а на Руси особо почитали Ферапонта Можайского, основателя знаменитого монастыря в XV веке. Однако фамилия Фарафонова не несёт в себе следов аристократического происхождения — она фиксирует бытовое, разговорное звучание имени, которое было распространено среди крестьян, ремесленников и мелких служилых людей.

Встречаются и родственные фамилии, образованные от того же корня: Ферапонтов, Фарафонов, Фарафонтьев. Разница в написании объясняется тем, что в разное время и в разных регионах имя записывали по-разному — то через «е», то через «а», то с добавлением мягкого «т». Фарафонова — одна из самых устойчивых и частотных форм этого ряда.

Если говорить о географии, то фамилия чаще всего встречается в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её связь с зоной влияния новгородской и ростовской колонизации, где культ Ферапонта был особенно силён. Но точных статистических данных по распространению фамилии нет, поэтому можно лишь предполагать региональные корни рода.

Таким образом, носительница фамилии Фарафонова может с уверенностью говорить, что её предки носили имя Фарафон — а это значит, что в роду были люди, которых окружающие ценили за помощь и верность, ведь именно такой смысл вкладывали греки в слово, лёгшее в основу имени.