Фамилия Фарафонтов происходит от просторечной формы канонического имени Ферапонт. Само имя восходит к греческому слову therapontos, что означает «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». В русской народной среде это имя, непривычное для уха, быстро обрастало обиходными вариантами, и одним из самых распространённых стал Фарафонт — с заменой первого «е» на «а» под влиянием аканья.

Фамилия образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе Фарафонт добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к отцу. То есть Фарафонтов — это буквально «сын Фарафонта», а в более широком смысле — потомок человека, носившего это имя. Такая схема типична для фамилий, возникших в XVI–XVII веках, когда прозвища и имена отцов закреплялись за детьми и внуками.

В церковном календаре имя Ферапонт почитается благодаря нескольким святым, в том числе преподобному Ферапонту Можайскому, основателю знаменитого Ферапонтова монастыря. Однако в крестьянской и посадской среде, где фамилии складывались стихийно, редко обращали внимание на книжную форму имени. Поэтому на письме и в быту закрепился именно народный вариант — Фарафонт, который и стал основой фамилии.

Любопытно, что фамилия Фарафонтов встречается в разных регионах России, но особенно часто её фиксируют в северных и центральных областях, где имя Ферапонт было более употребительным. В некоторых говорах можно услышать и другие производные формы — Фарафонтьев, Ферапонтов, — но именно вариант с основой «Фарафонт» оказался самым живучим.

Таким образом, человек с фамилией Фарафонтов может с уверенностью возводить свою родословную к предку, которого в старину звали Фарафонтом. Это имя, несмотря на греческое происхождение, звучало для русского уха вполне привычно и несло в себе смысл «помощника» или «верного спутника».