Имя Ферапонт образовано от греческого слова therapontos со значением «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Основой же для этой фамилии послужила просторечная форма этого имени – Фарафонт. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фарафонт, со временем получил фамилию Фарафонтов.