Имя Ферапонт образовано от греческого слова therapontos со значением «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Основой же для этой фамилии послужила просторечная форма этого имени – Фарафон. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фарафон, со временем получил фамилию Фарафонов.