Фамилия Фарафонтова происходит от мужского имени Фарафонт — народной, разговорной формы канонического имени Ферапонт. В основе лежит греческое слово «терапонтос», которое переводится как «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». То есть имя указывало на человека, который сопровождает и помогает, — в раннехристианском понимании это был спутник и слуга Божий.

Покровителем имени считают священномученика Ферапонта, епископа Сардинского. В III веке он пострадал за веру: за обращение язычников ко Христу его подвергли мучениям. Житие святого было хорошо известно на Руси, поэтому имя Ферапонт давали при крещении, но в быту оно звучало проще — Фарафонт. Такая замена звука «е» на «а» в просторечии встречалась часто, и именно эта форма и закрепилась в фамилии.

Сам тип фамилии — на «-ова» — указывает на принадлежность: Фарафонтова буквально значит «дочь (или жена) Фарафонта». Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия: сложные греческие имена в крестьянской и посадской среде нередко искажались до более удобного произношения, и эти усечённые или изменённые формы становились семейными прозвищами. Потомки человека по имени Фарафонт со временем и получили фамилию Фарафонтовы, а женская форма Фарафонтова закрепилась за их дочерьми и вдовами.

Интересно, что у этой фамилии есть «родственники»: Ферапонтов, Фарафонтьев, Фарафонов. Все они восходят к тому же имени, но зафиксировали разные его произносительные варианты. Если Ферапонтов сохранил книжную форму, то Фарафонтов и Фарафонов отражают живую народную речь.