Имя Ферапонт образовано от греческого слова therapontos со значением «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Основой же для этой фамилии послужила производная форма этого имени – Фарафонт. Одним из покровителей этого имени считается священномученик Ферапонт, епископ Сардинский, который за обращение язычников ко Христу был подвергнут мучениям в III веке. Скорее всего, основатель рода Фарафонтовых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фарафонт, со временем получил фамилию Фарафонтова.