Фамилия Фарафонкова — женская форма от Фарафонков, и её разумно начать с редкости: это не вариант распространённого Ферапонтова, а самостоятельное образование с другим корнем. В основе лежит крестильное имя Фарафонт (из греческого — «уничтожающий корабли» или, по другой версии, «показывающий свет»), которое в народной речи часто искажалось до Фарафон. Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий — «чей?» — то есть сын или потомок Фарафонта.

Главное, что отличает эту фамилию от однокоренных, — сохранение начального «а» вместо ожидаемого «е» (сравните: Ферапонтов). Это чисто диалектная черта: в северных и центральных русских говорах, особенно в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях, «аканье» и путаница гласных в заимствованных именах — обычное дело. Фарафонковы, скорее всего, вышли именно оттуда, где имя Фарафонт бытовало как самостоятельное, а не как ошибочное произношение.

Морфология проста: основа Фарафон + суффикс -к- (уменьшительно-ласкательный или просторечный) + -ов. То есть исходное прозвище или обиходная форма имени — Фарафонка. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах. Встречается она редко, и носители, как правило, могут проследить корни до конкретного села или деревни на Русском Севере.

Если сравнивать с другими фамилиями от того же корня (Ферапонтов, Ферапонтьев, Фарапонтов), то Фарафонкова — самая «народная», с явным отпечатком живой речи. В ней нет книжной правильности, зато есть прямое указание на то, как имя звучало в повседневном обиходе предков.