Фамилия Фарафонтьева — редкий случай в русской ономастике, где основа восходит к каноническому, но малоупотребительному церковному имени. В основе лежит мужское имя Фарафонт (церковная форма — Ферапонт), которое пришло из греческого языка и означает «спутник, товарищ» или, по другой версии, «слуга». В народном произношении имя упростилось: «Ферапонт» превратилось в «Фарафонт» — через замену «е» на «а» под влиянием акающих говоров.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа имени оканчивалась на мягкий согласный: Фарафонт → Фарафонтьев. Женская форма Фарафонтьева — это притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чья?»: дочь, жена или вдова Фарафонтьева. В крестьянской среде такие фамилии закреплялись за потомками через поколение, поэтому первым носителем мужской версии был, скорее всего, сын человека по имени Фарафонт.

Имя Ферапонт (Фарафонт) в святцах встречается, но редко. В XVI–XVII веках его давали в основном в северных и центральных губерниях, где почитали преподобного Ферапонта Можайского. Поэтому географически фамилия Фарафонтьевы (и её варианты — Ферапонтов, Фарафонтов) чаще встречалась на Русском Севере, в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. В южных регионах она почти не фиксировалась.

Особенность фамилии — её написание с «а» в первом слоге. Это не ошибка, а отражение живой народной речи. В документах XVIII–XIX веков можно встретить оба варианта: Ферапонтов и Фарафонтов, причём второй со временем вытеснил книжный. Учитывая редкость основы, фамилия Фарафонтьева — один из немногих следов, который оставило в русском быту почти забытое церковное имя.