Фамилия Фарафонтьев — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а его искажённая народная форма. Происходит она от крестильного имени Фарафонтий, которое в православных святцах встречается в честь святого Фарафонтия (греческое «Pharaphontios», предположительно связанное с египетским топонимом). Однако в быту это имя почти не прижилось в полном виде: русское просторечие переделало его в Тарафонтий или Фарафон, а затем и вовсе сократило до Фарафон, откуда и пошла фамилия.

Окончание -ев указывает на стандартную патронимическую модель: Фарафонтьев — «сын Фарафонтия» или, точнее, «сын Фарафонта». Суффикс -тьев (а не -ов) сохранил след мягкого окончания исходного имени: в древнерусском языке имя Фарафонтий в родительном падеже звучало как «Фарафонтия», отсюда и форма притяжательного прилагательного «Фарафонтьев». Это не ошибка написания, а архаичная черта, отличающая фамилию от более распространённых вариантов вроде Фарафонов (от твёрдой основы «Фарафон»).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в старых переписях Вологодской, Архангельской и Костромской губерний, где имя Фарафонтий было известно благодаря почитанию местного святого — преподобного Фарафонтия Белозерского, основателя Ферапонтова монастыря. Интересно, что в некоторых говорах имя произносили как «Харафонтий» (с фрикативным «х»), поэтому в тех же местах могла возникнуть фамилия Харафонтьев — её стоит считать не отдельной, а фонетическим дублетом.

Сословная принадлежность Фарафонтьевых была разной. В документах XVII–XVIII веков встречаются как крестьяне и монастырские слуги (особенно в окрестностях Белозерья), так и священники: имя Фарафонтий давали в духовном сословии, где чтили память святого. Дворянских родов с такой фамилией, судя по родословным книгам, не зафиксировано — это указывает на простонародное или церковное происхождение большинства носителей.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной, но устойчивой. Её главная ценность для этимолога — в сохранении редкой модели словообразования и в том, что она донесла до нас живую народную переделку греческого имени, почти исчезнувшего из обихода.