Фамилия Фарафонов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Фарафонов послужило церковное имя Ферапонт. Имя Ферапонт образовано от греческого слова therapontos со значением «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Основой же для этой фамилии послужила просторечная форма этого имени – Фарафон. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фарафон, со временем получил фамилию Фарафонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Фарафонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Фарафонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.