Фамилия Фарафонтов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Фарафонтов послужило церковное имя Ферапонт. Имя Ферапонт образовано от греческого слова therapontos со значением «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Основой же для этой фамилии послужила просторечная форма этого имени – Фарафонт. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фарафонт, со временем получил фамилию Фарафонтов. О точном месте и времени возникновения фамилии Фарафонтов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Фарафонтов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.