Фамилия Ферафонтов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Ферафонтов послужило церковное имя Ферафонт. Фамилия Ферафонтов восходит к каноническому мужскому имени Ферафонт (варианты — Фарапонт, Фарапонтий), которое было образовано от греческого слова «therapontos» со значениями «спутник, помощник», «ученик, слуга». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ферафонт, со временем получил фамилию Ферафонтов. О точном месте и времени возникновения фамилии Ферафонтов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ферафонтов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.