Фамилия Ферафонтова напрямую отвечает на вопрос, откуда она взялась: в её основе лежит каноническое мужское имя Ферафонт, а сама фамилия образована по простой и распространённой модели «имя + суффикс -ов». Суффикс здесь указывает на принадлежность: Ферафонтова — это «дочь (или жена) человека по имени Ферафонт». Мужской вариант фамилии, Ферафонтов, исторически означал «сын Ферафонта», и со временем эта форма закрепилась как наследственная.

Имя Ферафонт пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В основе лежит греческое слово «терапонтос», которое переводят по-разному: «спутник», «помощник», «ученик» или «слуга». В церковной традиции встречаются и другие написания — Фарапонт или Фарапонтий, что породило ряд однокоренных фамилий: Фарапонтов, Ферапонтов, а также более редкие формы вроде Ферапонтьев.

Покровителем имени считают преподобного Ферапонта Белоезерского, жившего в XIV веке. Его биография примечательна: родился он в Волоколамске в боярской семье Поскочиных, но в тридцать пять лет тайно покинул дом и пришёл в московский монастырь, умоляя архимандрита Феодора постричь его немедленно, без обычного послушания. В стенах обители Ферапонт сблизился с Сергием Радонежским и Кириллом Белоезерским. Позже вместе с Кириллом он основал на Белоозере Кириллову обитель, а вскоре заложил и собственный монастырь в честь Рождества Богородицы в пятнадцати верстах от неё.

Молва о новом монастыре дошла до князя Андрея Димитриевича, владевшего Белоозером. Князь пожелал устроить похожую обитель в своём удельном городе Можайске. Так в начале XV века на реке Лужки близ Можайска появился Рождественский Лужецкий монастырь, где Ферапонт остался настоятелем до конца дней.

Фамилия Ферафонтова встречается в разных регионах России, и её география часто совпадает с путями распространения почитания святого. В северных землях, вокруг Кириллова и Белоозера, а также в Подмосковье, в районе Можайска, эта фамилия встречается чаще, что косвенно подтверждает связь с местами, где подвизался преподобный.

Что касается носителей фамилии, то среди них были и крестьяне, и священники, и купцы — фамилия не была закреплена за каким-то одним сословием. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи о людях с этой фамилией в переписных книгах разных уездов, что говорит о её широком бытовании среди простого народа.

Важно помнить, что фамилия Ферафонтова — не единственная в этом ряду. От того же имени произошли Ферапонтов, Фарапонтов и даже Ферапонтьев. Разница в окончаниях объясняется тем, что в разных местностях имя склоняли по-разному: кто-то считал его словом на твёрдый согласный (Ферапонт — Ферапонтов), а кто-то — на мягкий (Ферапонтий — Ферапонтьев). Оба варианта законны и восходят к одному источнику.