Основой фамилии Ферафонтова послужило церковное имя Ферафонт. Фамилия Ферафонтова восходит к каноническому мужскому имени Ферафонт (варианты — Фарапонт, Фарапонтий), которое было образовано от греческого слова «therapontos» со значениями «спутник, помощник», «ученик, слуга». Один из святых покровителей этого имени - Преподобный Ферапонт Белоезерский. Он родился в XIV веке в городе Волоколамске, в семье бояр Поскочиных. В тридцатипятилетнем возрасте, тайно удалившись из дома, он пришел в московский монастырь и просил архимандрита Феодора тотчас постричь его, без обычного послушания. Там Ферапонт познакомился с Сергием Радонежским и Кириллом Белоезерским. Позднее он вместе со своим духовным наставником Кириллом Белоезерским основали на Белоозере Кириллову обитель. Позже Преподобный Ферапонт основал обитель во имя Рождества Богородицы в 15 верстах от Кириллова монастыря. Молва о новом монастыре дошла до князя Андрея Димитриевича, который в те времена владел Белоозером. Князь пожелал устроить обитель в своем удельном городе Можайске. Так в начале XV века близ Можайска на реке Лужки был основан Рождественский Лужецкий монастырь, в котором Ферапонт остался настоятелем. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ферафонт, со временем получил фамилию Ферафонтова.