Фамилия Ферафонов — редкий случай, когда написание расходится с произношением и исходным именем настолько, что вводит в заблуждение. На слух она воспринимается как производная от некоего «Ферафон», но такого имени в святцах нет. На самом деле перед нами искажённая форма греческого имени Ферапонт. В просторечии «т» на конце отпало, а ударение сместилось, и получилось «Ферафон» — так в быту называли человека, официально носившего имя Ферапонт.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Ферапонт (греч. Therapontos — «слуга», «спутник», «ученик»). В православной традиции наиболее известен преподобный Ферапонт Белозерский, основатель Ферапонтова монастыря. Однако в крестьянской и купеческой среде имя нередко упрощали: Ферапонт превращался в Ферапона, а затем и в Ферафона. От этой обиходной формы с помощью патронимического суффикса -ов и возникла фамилия Ферафонов, то есть «сын Ферафона» (читай: Ферапонта).

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от полных форм имени, характерную для XVI–XVII веков. Фамилия эта — не дворянская и не редкая, но и не массовая. Встречается она преимущественно в центральных областях России, особенно в Ярославской, Вологодской и Костромской губерниях — то есть в зоне исторического влияния Ферапонтова монастыря и вообще северных земель, где имя Ферапонт было хорошо известно.

Интересно, что фамилия Ферафонов существует бок о бок с более правильной, книжной формой Ферапонтов. Носители фамилии Ферафонов — потомки тех, кто в быту произносил имя сокращённо, без финального «т». Это не ошибка, а живое свидетельство народной фонетики: язык стремился к удобству, отсекал неудобный звук, и фамилия закрепилась в том виде, в каком её слышали писцы при переписях.

Если искать однокоренные варианты, то стоит упомянуть фамилию Ферапонтов (прямая форма от полного имени) и, возможно, Ферапонтьев (с более архаичным суффиксом). Ферафонов стоит особняком — это «народная» версия, которая обошла церковную норму и сохранила в себе живой говор русской деревни.