Фамилия Ферафонтов напрямую отвечает на вопрос «чей ты будешь?»: она образована от канонического мужского имени Ферафонт, которое носил прямой предок. Потомок человека по имени Ферафонт со временем получал прозвище Ферафонтов сын, а затем и фамилию, закрепившуюся за родом. В основе имени лежит греческое слово «терапонтос», которое переводят как «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Второе значение точнее отражает суть: в древнегреческом языке так называли не просто прислугу, а человека, который добровольно следует за наставником и учится у него.

В русской традиции имя Ферафонт не прижилось в народной среде, поэтому у него появились более удобные для произношения варианты — Фарапонт и Фарапонтий. От этих форм, в свою очередь, пошли родственные фамилии Фарапонтов и Фарафонтьев. Так что Ферафонтов — лишь одна из ветвей большого семейного древа, и люди с похожими фамилиями, скорее всего, дальние родственники.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную для русских фамилий модель притяжательного прилагательного: он отвечает на вопрос «чей?» и закрепился за большинством фамилий, образованных от имен и прозвищ, оканчивающихся на твердый согласный.

Носителей фамилии Ферафонтов в истории было немного, и это объяснимо: само имя Ферафонт встречалось редко, в основном в церковной среде. Наибольшую известность получил преподобный Ферапонт Белозерский, основатель монастыря в XV веке, но фамилия, вопреки возможному ожиданию, не связана с ним напрямую — она происходит от личного имени, а не от названия обители. Впрочем, популярность святого могла поддерживать имя в обиходе, особенно на Русском Севере, где его почитали.

Если искать региональную привязку, то фамилия чаще встречается в областях, куда распространялось влияние Ростовской и Вологодской земель, — там культ Ферапонта был сильнее всего. Однако утверждать, что все Ферафонтовы родом именно с Севера, нельзя: имя разошлось по стране вместе с церковными книгами и переселенцами.