Основой фамилии Ферафонтов послужило церковное имя Ферафонт. Фамилия Ферафонтов восходит к каноническому мужскому имени Ферафонт (варианты — Фарапонт, Фарапонтий), которое было образовано от греческого слова «therapontos» со значениями «спутник, помощник», «ученик, слуга». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ферафонт, со временем получил фамилию Ферафонтов.