Фамилия Ферофонтов — один из тех редких случаев, когда фамилия звучит почти как иностранная, но имеет чисто русские корни, искажённые народным произношением. В её основе лежит каноническое мужское имя Ферапонт (от греческого «слуга, спутник»). В русских говорах имя часто переделывали в более привычное «Ферофонт» или «Феропонт» — так удобнее выговаривалось, с заменой «а» на «о» и перестановкой слогов. От этой народной формы и пошла фамилия.

Модель образования стандартная для северных и центральных областей России: суффикс -ов указывает на принадлежность «чей?» — то есть Ферофонтов буквально означает «сын Ферофонта» или «из семьи Ферофонта». Фамилия могла закрепиться за крестьянами или посадскими людьми, где имя Ферапонт было распространено благодаря почитанию святого Ферапонта Можайского или Ферапонта Белозерского. Интересно, что в старых документах встречаются варианты написания: Фарафонтов, Ферапонтов, Форофонтов — все они восходят к одному источнику, но именно форма Ферофонтов закрепилась в виде, наиболее далёком от церковного оригинала.

Географически фамилия Ферофонтов редкая. По переписям XIX века её носители чаще всего фиксировались в Вологодской, Костромской и Архангельской губерниях — то есть на территориях, где существовали монастыри, связанные с культом святого Ферапонта. В современной России фамилия встречается единично, что делает её своеобразным маркером: если вы встретили Ферофонтова, скорее всего, его предки были из русского Севера или Заволжья.

Словообразовательная деталь, которая выделяет эту фамилию среди других «имённых»: суффикс -ов здесь стоит после основы, оканчивающейся на твёрдый согласный (Ферофонт-), что типично, но само имя в бытовой форме претерпело двойное преобразование — и редукцию гласного, и метатезу (перестановку звуков). Таких примеров в русской ономастике немного: скажем, фамилии Афонин (от Афанасий) или Ларионов (от Илларион) тоже прошли через народную переделку, но Ферофонтов — более редкий случай с перестановкой слогов.