Фамилия Фарофонтова восходит к каноническому мужскому имени Ферапонт, которое было образовано от греческого слова «therapontos» со значением «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Основой же для этой фамилии послужила одна из производных форм этого имени – Фарофонт. В ряду родственных фамилий - Фарафонтьев, Форопанов, Ферапонтов, Ферапонтьев, Форопанов, Форопонтов и др. Несовпадение некоторых букв в имени Ферапонт и производных от него можно объяснить различными языковыми явлениями (языковая система подвижна). Так, согласный «п» подвергся прогрессивной ассимиляции (уподобление) и был заменен на «ф», а различия в корневых гласных «е» / «а» / «о», вероятнее всего, стали результатом диалектного освоения слова, т.е. в разных областях возможны варианты произношения. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фарофонт, со временем получил фамилию Фарофонтова.