Фамилия Фарофонова — женская форма редкой фамилии Фарофонов. Её основа — неканоническое имя или прозвище Фарафон, которое в русских говорах было народной переделкой греческого имени Фарафонтий (в церковной традиции — Фарафонтий, от греч. «светоносный»). Подобные искажения имён — обычное дело в крестьянской среде: сложное для произношения Фарафонтий превращалось в Фарафон, а затем и в Фарафон. От него с помощью патронимического суффикса -ов образовали фамилию: Фарафонов → Фарофонова (с чередованием корня, когда безударное «а» перешло в «о» на письме под влиянием акающих говоров). Таким образом, прямой предок носительницы этой фамилии — человек по имени Фарафон (или Фарафонтий), а сама фамилия буквально значит «дочь/потомок Фарафона».

Второй, менее вероятный вариант — связь с диалектным словом «фарафон» (болтун, пустомеля). В некоторых северных и сибирских говорах так называли хвастуна или того, кто говорит не по делу. Если фамилия возникла от прозвища, то её носитель был сыном человека, получившего такую характеристику. Однако правдоподобнее первая версия: прозвищное значение у этого слова было редким и локальным, а имя Фарафонтий (и его сокращённые формы) входило в святцы, хоть и не было широко распространено.

Географически фамилия привязана к Вологодской, Архангельской и Костромской областям — зонам, где сохранялись архаичные имена и акающее произношение. Встречается она крайне редко: по данным современных телефонных справочников, число носителей не превышает нескольких сотен человек, в основном на севере Европейской России. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия не меняла формы: ни в старых писцовых книгах, ни в метриках XIX века не встречается вариантов с другим суффиксом (вроде -ин или -ский), что говорит о её позднем и единообразном закреплении.

Любопытная деталь: в некоторых переписях XVIII века фамилию записывали как Фарафонова, а в более поздних документах — уже через «о» (Фарофонова). Это отражает живую фонетику: в северных говорах «а» после твёрдого согласного в первом предударном слоге произносили как «о», и писарь фиксировал слышимое. Так что написание «Фарофонова» — не ошибка, а следствие местного выговора.