Фамилия Ферапонтова ведет свое начало от крестильного мужского имени Ферапонт. Оно, в свою очередь, образовано от греческого слова therapontos со значением «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Скорее всего, основатель рода Ферапонтовых получил от своих родителей это имя в честь святого покровителя - священномученика Ферапонта, епископа Сардинского, который за обращение язычников ко Христу был подвергнут мучениям и был обезглавлен (III в.). Велика вероятность того, что основатель рода Ферапонтовых был выходцем из зажиточного, уважаемого рода. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ферапонт, со временем получил фамилию Ферапонтова.