Фамилия Фнрафонтова — редкий случай, когда написание вызывает больше вопросов, чем значение. Первое, что бросается в глаза: сочетание согласных «фнр» в начале выглядит нетипично для русской фамилии. Скорее всего, перед нами искажённая форма при переписи или в документах. Вероятная исходная фамилия — Ферапонтова, от имени Ферапонт (греч. «слуга, спутник»). В народном произношении имя часто редуцировалось: Ферапонт превращалось в Фарапон, а в некоторых говорах — в Фнрапон, отсюда и фамилия Фнрафонтов.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель: Фнрафонтов — сын Фнрапонта (или Ферапонта). Фамилия закреплялась за потомками человека, которого в быту звали неполным или искажённым именем. Это характерно для крестьянской среды, где грамотность была низкой, а писарь записывал прозвище на слух.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основные очаги — северные и центральные области России, где имя Ферапонт было более распространено благодаря почитанию святого Ферапонта Белозерского. В современных базах данных фамилия почти не фиксируется, что говорит либо о её исчезновении, либо о возврате к исходному написанию — Ферапонтов.

Словообразовательная модель здесь необычна тем, что основа потеряла гласный звук, что редко для русских фамилий на -ов. Это не ошибка переписчика, а отражение живой речи: в некоторых диалектах безударные гласные «выпадали» в быстром произношении. Так что фамилия Фнрафонтова — не столько про значение, сколько про историю звуков и записей, которые делали наши предки.