Фамилия Фарутины — редкий пример, где форма множественного числа (а точнее, родительного падежа: «Из дома Фарутиных») стала основным вариантом написания. В русской традиции так закреплялись фамилии, образованные от прозвищ или имён с суффиксом -ут-: Фарута, за которым стоит либо диалектное имя, либо усечённая форма от канонического имени.

В основе лежит, скорее всего, имя Фарут — вариант или производное от арабского Фарух (счастливый, радостный), либо от греческого Феодорит (дар Божий) в народном пересказе. Второй вариант правдоподобнее для русской среды: в южнорусских и украинских говорах имя Феодорит могли «обрубать» до Фарут, а суффикс -ин указывал на принадлежность: «Фарутин сын» или «Фарутина жена».

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — регионам, где смешивались православные и тюркские именословы. Никакого отношения к итальянскому «farina» (мука) или цыганским корням здесь нет: это чисто восточнославянская модель с редкой основой.

В дореволюционных метрических книгах Фарутины встречаются преимущественно среди крестьян и мещан — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Социальный потолок носителей — ремесленники или однодворцы, что объясняет и редкость фамилии: она не попала в массовые списки через церковные или военные переписи.