Фамилия Фарутина — женская форма, мужская — Фарутин. Её основа, на первый взгляд, вызывает вопросы: что за корень «фарут»? Скорее всего, перед нами не исконно русское слово, а заимствованное, переработанное народной этимологией.

Вероятнее всего, фамилия восходит к тюркскому имени Фарут (вариант Фарух). В арабском и персидском языках «фарух» означает «счастливый», «благословенный», «радостный». Имя было распространено среди татар, башкир и других тюркских народов, а также в мусульманской среде. Попадая в русскую языковую среду, такие имена часто обрастали типичными русскими суффиксами. Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность: «чей?» — Фарутин, то есть сын или потомок человека по имени Фарут. Таким образом, исходное прозвище или имя отца звучало как Фарута — усечённая, ласкательная форма от Фарут.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с диалектным словом «фарута» или «фарут». В некоторых говорах так могли называть нерасторопного, медлительного человека или, наоборот, ворчливого и капризного. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, такое слово не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров, во-вторых, фамилии на -ин от тюркских имён — массовое явление, особенно в Поволжье и Приуралье.

География фамилии подтверждает первую версию. Фарутины встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — именно в тех регионах, где веками шло смешение славянского и тюркского населения. При этом фамилия остаётся редкой: в списках частотных русских фамилий она отсутствует, что говорит о её локальном, «гнездовом» происхождении. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, принявшими фамилию по имени отца после отмены крепостного права или при переписях.