Фамилия Фасфутдина — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с исходным именем, но с характерным русским суффиксом. Основа здесь — арабское мужское имя Фасфутдин (варианты: Фасфутдин, Фазфутдин). В нём два корня: «фасф» (или «фазф», от арабского «фазль» — достоинство, превосходство, щедрость) и «дин» (вера, религия). В сумме имя означает «превосходство веры» или «достоинство религии». Такие составные имена с компонентом «-дин» типичны для мусульманской традиции: Гайнутдин (богатство веры), Сафиуллин (чистота Аллаха) и т.д.

Фамилия образована по простой модели: к имени Фасфутдин добавили русский патронимический суффикс -а. В тюрко-татарской среде, особенно у башкир и татар, фамилии часто записывали в форме родительного падежа с этим окончанием: чей сын? — Фасфутдина. То есть буквально «из рода Фасфутдина». Такая модель широко распространена в Башкортостане, Татарстане и у мишарей. Встречаются и однокоренные варианты: Фасфутдинов (с более привычным суффиксом -ов), но форма на -а сохранилась именно в тех случаях, когда фамилия закрепилась в документах без дополнительной русификации.

Особенность фамилии — её редкость и локальная привязка. В отличие от массовых фамилий вроде Абдуллин или Хасанов, Фасфутдина встречается точечно, чаще в южных районах Башкортостана и на западе Оренбургской области. Это говорит о том, что родоначальник был конкретным человеком с не самым распространённым именем, и фамилия не разошлась широко. Носитель имени Фасфутдин мог быть муллой, учителем медресе или просто уважаемым старшиной — имя с корнем «фазль» давали в семьях, ценивших религиозное образование.

С точки зрения словообразования, это один из примеров, когда фамилия «застыла» в форме, близкой к разговорному обращению: «чей? — Фасфутдина». В быту такое окончание воспринималось как притяжательное, а в официальных документах XIX — начала XX века его могли записать именно так, без переделки в -ов. Поэтому сейчас фамилия Фасфутдина — не женская, а исходная форма для всех потомков по мужской линии.